Dalam sejarah bangsa Indonesia, gereja Tuhan tidak bebas dari campur tangan pemerintah, bahkan digoyahkan dan dicampuri secara politis. Hal ini mengakibatkan muncul dua pemimpin gereja dari salah satu gereja besar di Indonesia. Banyak yang menyalahkan negara atas persoalan tersebut. Negara seharusnya menjamin kesejahteraan dan keamanan warganya. Orang mulai lupa bahwa bukan negara yang jahat, tetapi pemimpinnya yang tidak baik.
 
Kehidupan umat Tuhan sesudah kembali dari pembuangan tidak lagi berbentuk kerajaan. Sebagai bangsa yang dijajah, mereka hanya diperbolehkan memiliki gubernur, wakil kaisar di Yerusalem, dan imam sebagai pemimpin ibadah umat. Gubernur tidak boleh melakukan tindakan politik yang bertentangan dengan kehendak kaisar. Yang berperan sebagai pemimpin dalam kehidupan umat adalah imam. Persoalannya para imam justru melakukan hal-hal yang tidak berkenan bagi Tuhan. Mereka mempermainkan berbagai ketentuan di dalam hukum Taurat. Hal ini mengakibatkan timbulnya ketidakadilan dan kesewenangan. Para imam telah melanggar perjanjian Tuhan dengan kaum Lewi.
 
Dalam sistem organisasi GPIB, para presbiter adalah pemimpin. Para presbiter mengambil keputusan dalam rapat-rapat, baik sinodal maupun lokal. Keberlangsungan terhadap panggilan Tuhan juga bergantung dari keputusan-keputusan para presbiter ini. GPIB adalah gereja yang jemaat-jemaatnya memiliki berbagai sarana yang memadai. Kebijakan dari para presbiter juga harus dipertanggung-jawabkan dalam pelaksanaannya. Melalui sarana dan kebijakan tersebut, kehidupan anggota jemaat dilayani. Pertanyaan yang menjadi perenungan adalah apakah para pemimpin GPIB sudah menjalankan tugas dan panggilannya dengan baik? pertanyaan ini menjadi perenungan saat GPIB menjalani usia ke-72 tahun. Setiap keputusan atau kebijakan yang pemimpin gereja tetapkan harus sejalan dengan kehendak Tuhan. Jika tidak sejalan dengan kehendak-Nya, maka Tuhan akan murka.